古いバージョンからセーブデータ（slot1.ini～slot3.ini）を引き継ぐ場合は、新しいバージョンの入ったフォルダ内に入れればOK。

ゲームパッドも使用可。パッド使用中は基本的にキーボードの操作ができなくなります。ただしポーズ（Pキー）やExtraの文字入力の際はキーボードを使用する必要があるので、ご注意。
キーの変更の際は、無料で使用できるJoyToKey等を使用して割り当ててください。

敵が落とした釘バットやギターなどは持って振ることができる。また、ライフルは５発撃つことができる。
いずれの持ち物もVキーでその場に置ける。ダメージをくらうと持ち物はなくなってしまう。

Pキーを押すと画面を一時停止し、ポーズ画面へと移行する。ポーズ画面では以下の選択が可能。

ステージの一部には、ラギーチャレンジの入口が存在する。入口付近には基本的に「Luggy's Challenge」または「L.C.」などといった案内が記されている（表現方法は様々）。 ラギーチャレンジ時は以下のいずれかのミッションに挑まれることになり、クリアするとラギーバーがもらえる。
・「バルーンをわりまくれ！」（バルーンを一定数割る）
・「てきをやっつけろ！」（敵を一定数倒す）
制限時間をオーバーしたり、ダメージを一度でも受けるとチャレンジ失敗となってしまう。

ゲーム内で集めたお金で携帯用ハンバーガーや、MGカード（敵が書かれたカード）を買う画面。
携帯用ハンバーガーはゲーム中にポーズをして「Use」を選ぶことで使うことができる。
MGカードはラギー視点による敵の説明がされる（有用な情報もたまにある）。カードを買っても達成率には影響しない。

基本的にワールドマップへ戻るなど、エリアが切り替わるごとにオートセーブがされる。なのでゲームを終えるときは、ワールドマップ画面で終わるのがベター。 セーブデータは最大で３つあり、「あそぶ」「コピー」「けす」コマンドを選ぶ。 データの貼り紙に書かれた数字はゲームの達成度を示すもの。ステージを全てクリアし、ラギーバーを全て集めると、100%となる。

タイトル画面でOptionを選ぶと、この後選んだセーブデータの音楽・効果音を消すかどうかの選択ができる。 一度変更すれば、次回以降もその設定が引き継がれる。